AFM è strutturato in modo da integrare funzioni operative essenziali e attività di supporto, creando una rete coordinata e flessibile per la gestione della flotta aerea. Al centro di questa struttura troviamo il nucleo principale, che comprende le Operazioni di Volo e la Manutenzione. Le Operazioni di Volo rappresentano il cuore del sistema, occupandosi di pianificare e gestire ogni aspetto dei voli, mentre la Manutenzione garantisce che tutti i mezzi siano pronti e sicuri, con il supporto della Logistica per la gestione delle risorse necessarie.

Questa interazione continua tra Operazioni di Volo e Manutenzione è fondamentale, poiché permette di mantenere un flusso costante di informazioni e interventi, assicurando che la flotta sia sempre operativa ed efficiente.

Moduli Suppletivi offrono capacità aggiuntive e strategiche. Il modulo di Training, dedicato alla formazione, è essenziale per assicurare che il personale sia sempre aggiornato e preparato, contribuendo a mantenere elevati standard di competenza e sicurezza. Accanto a questo, le Operazioni di Soccorso garantiscono la prontezza operativa in situazioni di emergenza, permettendo al sistema di rispondere rapidamente alle crisi.